| 修士課程 | 人文科学研究科 |
| 教育学研究科 |
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| 経済・社会政策科学研究科 |
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| 経営大学院 |
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| 医学系研究科 医科学専攻 |
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| 医学系研究科 保健学専攻（博士前期） |
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| 理工学系研究科（松本キャンパス・長野キャンパス・上田キャンパス） | |
| 農学研究科 |
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| 総合理工学研究科 |
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| 博士課程 | 医学系研究科 医学系専攻 |
| 医学系研究科 疾患予防医科学系専攻 |
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| 医学系研究科 保健学専攻（博士後期） |
総合工学系研究科(理学部・工学部・繊維学部・農学部) |
| 修士・博士5年一貫学位プログラム | サスティナブルソサイエティグローバル人材養成学位プログラム |
| 専門職学位課程 | 高度教職実践専攻（教職大学院） |
| 法曹法務研究科 |
