沿革
| 1945年2月5日 | 長野県立農林専門学校（農科・林科）設立許可 |
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| 1945年4月1日 | 開校 |
| 1945年4月15日 | 第1回入学式挙行 |
| 1949年5月31日 | 信州大学設置に伴い同校を吸収、同学農学部（農学科・林学科）として発足 |
| 1950年4月1日 | 附属農場及び附属演習林設置 |
| 1952年7月11日 | 長野県立農林専門学校廃止 |
| 1958年4月1日 | 農学専攻科（農学専攻・林学専攻）設置 |
| 1960年4月1日 | 畜産学科増設 |
| 1964年4月1日 | 農学専攻科（畜産学専攻）増設 |
| 1965年4月1日 | 森林工学科増設 |
| 1967年4月1日 | 農学科を改組拡充し園芸農学科に名称変更 農芸化学科増設 |
| 1969年4月1日 | 農学専攻科（森林工学専攻）増設 野辺山農場が本部より所属換 |
| 1972年4月1日 | 大学院農学研究科修士課程設置 ※園芸農学専攻・林学専攻・畜産学専攻・森林工学専攻・農芸化学専攻 |
| 1973年3月31日 | 農学専攻科廃止 |
| 1973年4月12日 | 畜産学科に草地学講座増設 |
| 1976年5月10日 | 林学科に森林風致計画学講座増設 |
| 1977年4月18日 | 園芸農学科に応用昆虫学講座増設 |
| 1978年4月1日 | 農芸化学科に環境保全化学講座増設 |
| 1979年4月1日 | 林学科森林化学講座を木材利用学講座に名称変更 畜産学科に家畜生体機構学講座増設 附属高冷地農業実験実習施設設置 |
| 1981年4月1日 | 森林工学科に地域計画学講座増設 |
| 1987年4月1日 | 臨時増募の開始 |
| 1988年4月1日 | 園芸農学科、林学科、畜産学科、森林工学科、農芸化学科を生物生産科学科、 森林科学科、生物資源科学科に改組 |
| 1991年4月1日 | 岐阜大学大学院連合農学研究科博士課程設置によりその構成大学となる |
| 1992年4月1日 | 大学院農学研究科修士課程,園芸農学専攻・林学専攻・畜産学専攻・森林工学専攻・農芸化学専攻を生物生産科学専攻・森林科学専攻・生物資源科学専攻に改組 |
| 1995年4月1日 | 森林科学科に森林環境文化学講座増設 |
| 1997年4月1日 | 学部改組
|
| 1999年4月1日 | 臨時増募の廃止 附属農場・演習林事務部の廃止 |
| 2000年4月1日 | 第3年次編入学制度化 |
| 2001年4月1日 | 大学院農学研究科修士課程,生物生産科学専攻・森林科学専攻・生物資源科学専攻を 食料生産科学専攻・森林科学専攻・応用生命科学専攻に改組 大学院農学研究科修士課程,機能性食料開発学専攻(独立専攻)設置 |
| 2002年4月1日 | 附属農場、附属演習林および附属高冷地農業実験実習施設を 附属アルプス圏フィールド科学教育研究センターに改組 |
| 2005年4月1日 | 大学院工学系研究科博士課程が大学院総合工学系研究科博士課程に改組され構成研究科となる |
| 2006年2月7日 | 食料保健機能開発研究センター設置 |
| 2007年5月9日 | 食と緑の科学資料館設置 |
| 2008年7月23日 | 農学部プロジェクト研究推進拠点設置 |
| 2009年2月5日 | 野生動物対策センター設置 |
| 2009年4月1日 | 講座制を廃止し、分野制に改組 |
| 2010年3月31日 | 岐阜大学大学院連合農学研究科博士課程の構成大学から外れる |
| 2011年7月19日 | 近未来農林総合科学教育研究センター設置 |
| 2013年8月2日 | 附属AFC野辺山農場が教育関係共同利用拠点に認定 |
| 2014年5月19日 | 農学部国際農学教育研究センター設置 |
| 2014年7月31日 | 附属AFC演習林（西駒・手良沢山・野辺山・構内）が教育関係共同利用拠点に認定 |
| 2015年3月31日 | 食料保健機能開発研究センターの廃止 |
| 2015年4月1日 | 学部改組 食料生産科学科、森林科学科、応用生命科学科を農学生命科学科1学科（4コース：生命機能科学コース、動物資源生命科学コース、植物資源科学コース、森林・環境共生学コース）に改組 |
| 2015年7月1日 | 伊那キャンパスに名称変更 |
| 2015年9月30日 | 農学部プロジェクト研究推進拠点の設置期間満了 |
| 2016年4月1日 | 大学院理工学系研究科修士課程と大学院農学研究科修士課程を統合再編し、大学院総合理工学研究科修士課程に改組 |
| 2018年4月1日 | 大学院総合工学系研究科博士課程と大学院医学系研究科博士課程を組織改編し、大学院総合医理工学研究科博士課程を設置 |
| 2022年8月31日 | 附属AFC農場（野辺山・構内）が教育関係共同利用拠点に再認定 |
| 2023年7月31日 | 附属AFC演習林（西駒・手良沢山・野辺山・構内）が教育関係共同利用拠点に再認定 |
| 2024年3月31日 | 近未来農林総合科学教育研究センターの廃止 |
| 2025年4月1日 | コース再編 農学生命科学科（4コース：生命機能科学コース、動物資源生命科学コース、植物資源科学コース、森林・環境共生学コース）を（3コース：生命・食品科学コース、食料生産システム科学コース、山岳圏森林・環境共生学コース および 1特別コース：地域協創特別コース）に再編 |