データ処理系を一言で表すと衛星の頭脳です。衛星に搭載された各種センサの値を読み取って衛星がどのような状態にあるのか判断したり、地上局からのコマンドを受け取って解釈したり、地上局にデータを下ろす準備をしたりします。このことより、Ｃ＆ＤＨ系（Command and Data Handling）と呼ばれることもあります。ShindaiSatにはデータ処理系だけでなく、ミッション系や姿勢制御系など複数のＣＰＵが使われているので、これらのＣＰＵと衛星内でやり取りする仕事もあります。