リンク
信州大学
■ 信州大学
■ 信州大学 工学部
■ 信州大学 工学部 物質工学科（旧学科）
■ 信州大学 工学部 物質化学科（新学科）
■ 信州大学 食農産業イノベーション研究センター（CAFI）
■ 信州大学 菌類・微生物ダイナミズム創発研究センター（CFMD）
■ ながのブランド郷土食（社会人スキルアップコースプログラム）
研究データベース
■ PubMed (NCBI)
■ NCBI (National Center for Biotechnology Information)
■ EMBL (Europian Molecular Biology Laboratory)
■ DDBJ (DNA Data Dank of Japan)
■ NIH (National Institutes of Health)
■ PDB (Protein Data Bank)
■ PDBj (Protein Data Bank Japan)
■ CAZy (Carbohydrate-Active enZYmes)
■ DOGAN (A. oryzae Genome Database)
■ JGI (Joint Genome Institute)
ー T. reesei QM6a v2.0
ー T. reesei RUT C-30 v1.0
ー N. crassa OR74A v2.0
ー A. oryzae RIB40
ー A. nidulans
ー A. aculeatus ATCC16872 v1.1
ー A. kawachii IFO 4308
ー A. niger ATCC 1015 v4.0
ー P. diditatum PHI26
ー P. chrysogenum v1.0
ー Tricholoma matsutake（マツタケ）
■ N. crassa Genome Project
■ ATCC (American Type Culture Collection)
■ IFO (Institute for Fermentation, Osaka)
■ NITE (National Institute of Technology and Evaluation)
■ FGSC (Fungal Genetics Stock Center)
■ Expansin Central
■ REBASE (Restriction Enzyme Database)
研究支援ツール
■ Primer3Plus (PCRプライマーの設計支援ソフト）
■ SignalP 4.1 Server (シグナルペプチドの推定)
■ BLAST search（配列の相同性の検索）
■ Identity/Similarity（同一性/類似性の計算）
■ ARSA（DDBJ, データベース内のキーワード検索）
■ Clustal Omega（アミノ酸の多重整列と系統樹の作成）
■ ExPASy (分子量，等電点の計算)
■ SWISS-MODEL (立体構造予測)
■ Alphafold2 (立体構造予測)，その使い方はこちら
■ Codon Usage Database
■ ImageJ（画像解析ソフト, NIH）
■ PyMOL（タンパク質立体構造解析ソフト by Schrödinger，使用方法はこちらを参照）
■ Vector search (ベクター情報)
■ FigTree（系統樹作成・解析ソフト for Mac）
■ Serial Cloner (遺伝子解析ソフト for Mac & Win）
■ Gene Runner (遺伝子解析ソフト for Win）
■ 電気泳動解析のフリーソフト（GelAnalyzer）分子量，タンパク質濃度が推定できるすぐれもの
酵素・遺伝子リンク
■ Trichoderma reesei QM6a ■ Trichoderma reesei RUT C-30
β-Glucosidases (BGL) β-Glucosidases (BGL)
Cel1A (BGL II) [PDB] Cel1A (BGL II)
Cel1B Cel1B
Cel3A (BGL I) [PDB] Cel3A (BGL I)
Cel3B Cel3B
Cel3C Cel3C
Cel3D (Crrected seq is here) Cel3D
Cel3E Cel3E
Cel3F Cel3F
Cel3G (Crrected seq is here) Cel3G
Cel3H (not BGL, Crrected seq is here) Cel3H
Cellobiohydrolases (CBH) Cellobiohydrolases (CBH)
Cel6A (CBH II) [PDB] Cel6A (CBH II)
Cel7A (CBH I) [PDB] Cel7A (CBH I)
Endo-β-1,4-glucanases (EG) Endo-β-1,4-glucanases (EG)
Cel5A (EG II) [PDB] Cel5A (EG II)
Cel5B (EG VIII) Cel5B (EG VIII)
Cel7B (EG I) [PDB] Cel7B (EG I)
Cel45A (EG V) Cel45A (EG V)
Lytic polysaccharide monooxigenases (LPMO) LPMO
Cel61A AA9A (EG IV LPMO I) Cel61A AA9A (EG IV LPMO I)
Cel61B AA9B (EG VII LPMO II) [PDB] Cel61B AA9B (EG VII LPMO II)
Cel61C (Putative, AA9)
Cel61D (Putative, AA9)
Cel61E (Putative, AA9)
Cel61F (Putative, AA9)
Others Others
Cel45B (SWO I, Swollenin) Cel45B (SWO I, Swollenin)
Cip1 (Cellulose induced protein) [PDB] Cip1 (Cellulose induced protein)
Cat1 (Putative, Catalase)
Hfb1 (Hydrophobin I)
Hfb2 (Hydrophobin II)
Hfb3 (Hydrophobin III)
Crt1 (Sugar transporter)
Stp1 (Sugar transporter)
Hemicellulolytic enzymes
Xyn10A (XYN III) [PDB]
Xyn11A (XYN I)
Xyn11B (XYN II) [PDB]
Xyn11C (XYN V) (only partial sequence)
Xyn30A (XYN IV) (Xyn5A, later defined as GH30)
Xyn30B (XYN VI)
Bxl3A (BXL I)
Glr67A (GLR I)
Glr115A (GLR II), Intracellular
Cel12A (EG III, putative XGase) [PDB]
Cel74A (EG VI, XGase)
GlcAME15 (Cip2) [PDB]
Abf54A (ABF I)
Abf62A (ABF II)
Abf54B (ABF III)
Bma2A (BMA I)
Man5A (MAN I) [PDB]
Agl27A (AGL I) [PDB]
Agl36A (AGL II)
Agl27B (AGL III)
Bga35A (BGA I) [PDB}
GAN5A (EnGAN I)
Axe5 (AXE I) [PDB]
Gl20 (GLA1, Glucuronan lyase) [PDB]
Transcriptional factors (Related to cellulases)
Xyr1
Cre1
Cre2
Cre3
Ace1
Ace2
Hap2
Hap3
Hap5
BglR
Grd1
Lae1
■ Irpex lacteus (ウスバタケ）enzymes
Ex-1 (Cel7A, Cex1)
Ex-3 (Cel6A, Cex3)
En-1 (Cel5A, Cen1)
CDH (Cellobiose dehydrogenase)
Xyn10A
Xyn10B
Xyn10C
■ Pleurotus salmoneostramineus（トキイロヒラタケ）laccase
Lcc1
Lcc2
Lcc3
Lcc4
Lcc5
Lcc6
Lcc7
Lcc8
Lcc9
■ Trametes hirsuta（アラゲカワラタケ）enzyme
Cel5A (EG1)
■ Neurospora crassa OR74A（アカパンカビ）
LPMO9C (C-4 oxidizing LPMO) [PDB]
Cdt1 (Sugar transporter)
Cdt2 (Sugar transporter)
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