| 部局 | 部局長 |
| アドミニストレーション本部 | 本部長 |
| 人文学部 ※1 | 学部長 |
| 教育学部 ※2 | 学部長 |
| 経法学部 ※3 | 学部長 |
| 理学部 ※4 | 学部長 |
| 医学部 ※5 | 学部長 |
| 医学部附属病院 | 病院長 |
| 工学部 ※6 | 学部長 |
| 農学部 ※7 | 学部長 |
| 繊維学部 ※8 | 学部長 |
| アクア・リジェネレーション機構 | 機構長 |
| 教育・学生支援機構 | 機構長 |
| 全学教育センター | 各センター長 |
| アドミッションセンター |
| 高等教育研究センター |
| e-Learningセンター |
| 学生総合支援センター |
| 学生相談センター |
| キャリア教育・サポートセンター |
| 教職支援センター |
| グローバル化推進センター |
| 学術研究・産学官連携推進機構 | 機構長 |
| | アクア・イノベーション拠点 | 拠点長 |
| | 国際科学イノベーションセンター | センター長 |
| グリーン社会協創機構 | 環境マインド推進センター | センター長 |
| 地域防災減災センター | センター長 |
| 情報・DX推進機構 | 機構長 |
| | 情報基盤センター | 各センター長 |
| | DX推進センター |
| 附属図書館 | 館長 |
| 総合健康安全センター | センター長 |
| DE&I推進センター | センター長 |
| 内部監査室 | 室長 |
| 学長府 | 府長 |
| 総務部 | 部長 |
| 財務部 | 部長 |
| 学務部 | 部長 |
| 研究推進部 | 部長 |
| 国際部 | 部長 |
| 環境施設部 | 部長 |
※1 人文学部には，総合人文社会科学研究科を含む。
|
| ※2 教育学部には，総合人文社会科学研究科及び教育学研究科を含む。 |
| ※3 経法学部には，総合人文社会科学研究科及び社会実装研究クラスター社会基盤研究所を含む。 |
| ※4 理学部には，総合理工学研究科，総合医理工学研究科及び社会実装研究クラスター山岳科学研究所を含む。 |
| ※5 医学部には，総合理工学研究科，総合医理工学研究科，医学研究科，社会実装研究クラスターバイオメディカル研究所，基盤研究支援センター生命科学分野動物実験支援部門，基盤研究支援センター機器分析分野機器分析支援部門及び基盤研究支援センターRI実験分野RI実験支援部門を含む。 |
| ※6 工学部には，総合理工学研究科，総合医理工学研究科，社会実装研究クラスター次世代空モビリティシステム研究拠点，社会実装研究クラスター応用微生物学ルネサンスセンター，基盤研究支援センター機器分析分野機器分析支援部門長野(工学)分室及び教育・学生支援機構データサイエンス推進本部工学部分室を含む。 |
| ※7 農学部には，総合理工学研究科，総合医理工学研究科，社会実装研究クラスター山岳科学研究所，社会実装研究クラスターバイオメディカル研究所及び基盤研究支援センター機器分析分野機器分析支援部門伊那分室を含む。 |
| ※8 繊維学部には，総合理工学研究科，総合医理工学研究科，社会実装研究クラスターバイオメディカル研究所，社会実装研究クラスター繊維科学研究所，基盤研究支援センター生命科学分野遺伝子実験支援部門及び基盤研究支援センター機器分析分野機器分析支援部門上田分室を含む。 |