| 松本キャンパス | 学長 | 内部部局(内部監査室，学長府，総務部，財務部，学務部，研究推進部，国際部及び環境施設部をいう。) |
| 附属図書館 |
| アドミニストレーション本部 |
| アクア・リジェネレーション機構 |
| 社会実装研究クラスターの各研究所等（松本キャンパス） |
| 総合健康安全センター |
| DE&I推進センター |
| 学術研究・産学官連携推進機構学術研究支援本部 |
| 学術研究・産学官連携推進機構新価値創成本部 |
| 学術研究・産学官連携推進機構社会連繋推進本部 |
| 学術研究・産学官連携推進機構リサーチアドミニストレーション室 |
| 学術研究・産学官連携推進機構ユニバーシティ・エンゲージメント室 |
| 学術研究・産学官連携推進機構スタートアップ・事業化推進室 |
| 学術研究・産学官連携推進機構学術研究支援本部輸出監理室 |
| 全学教育センター |
| アドミッションセンター |
| 高等教育研究センター |
| e-Learningセンター |
| 環境マインド推進センター |
| 学生総合支援センター |
| 学生相談センター |
| キャリア教育・サポートセンター |
| 教職支援センター |
| グローバル化推進センター |
| 基盤研究支援センター生命科学分野遺伝子実験支援部門（松本キャンパス）及び動物実験支援部門，機器分析分野機器分析支援部門（各分室を除く。）並びにRI実験分野RI実験支援部門 |
| 地域防災減災センター |
| 信州地域技術メディカル展開センター |
| アクア・リジェネレーション共創研究センター |
| 情報基盤センター(松本キャンパス) |
| 共創研究クラスターの各研究所(松本キャンパス) |
| 人文学部 |
| 経法学部 |
| 総合人文社会科学研究科(松本キャンパス) |
| 理学部，総合理工学研究科(松本キャンパス) |
| 総合医理工学研究科(松本キャンパス) |
| 医学部，医学系研究科 |
| 松本附属学校園 | 代表学校園長 | 教育学部附属幼稚園，松本小学校，松本中学校 |
| 総合健康安全センター松本附属学校園分室 |
| 医学部附属病院 | 医学部附属病院長 | 医学部附属病院 |
| 総合健康安全センター医学部附属病院分室 |
| 長野(教育)キャンパス | 教育学部長 | 教育学部 |
| 教育学部附属志賀自然教育研究施設 |
| 教育学部附属次世代型学び研究開発センター |
| 総合人文社会科学研究科(長野(教育)キャンパス) |
| 教育学研究科 |
| 総合健康安全センター長野(教育)キャンパス分室 |
| 共創研究クラスターの各研究所(長野(教育)キャンパス) |
| 長野附属学校 | 代表学校長 | 教育学部附属長野小学校，長野中学校，特別支援学校 |
| 総合健康安全センター長野附属学校分室 |
| 長野(工学)キャンパス | 工学部長 | 工学部 |
| 総合理工学研究科(長野(工学)キャンパス) |
| 総合医理工学研究科(長野(工学)キャンパス) |
| 社会実装研究クラスターの各研究所等(長野(工学)キャンパス) |
| 総合健康安全センター長野(工学)キャンパス分室 |
| 基盤研究支援センター機器分析分野機器分析支援部門長野(工学)分室 |
| 学術研究・産学官連携推進機構アクア・イノベーション拠点 |
| 国際科学イノベーションセンター |
| 情報基盤センター(長野(工学)キャンパス) |
| 共創研究クラスターの各研究所(長野(工学)キャンパス) |
| 伊那キャンパス | 農学部長 | 農学部 |
| 農学部附属アルプス圏フィールド科学教育研究センター |
| 総合理工学研究科(伊那キャンパス) |
| 総合医理工学研究科(伊那キャンパス) |
| 社会実装研究クラスターの各研究所等(伊那キャンパス) |
| 総合健康安全センター伊那キャンパス分室 |
| 基盤研究支援センター機器分析分野機器分析支援部門伊那分室 |
| 共創研究クラスターの各研究所(伊那キャンパス) |
| 上田キャンパス | 繊維学部長 | 繊維学部 |
| 繊維学部附属農場 |
| 総合理工学研究科(上田キャンパス) |
| 総合医理工学研究科(上田キャンパス) |
| 社会実装研究クラスターの各研究所等(上田キャンパス) |
| 総合健康安全センター上田キャンパス分室 |
| 基盤研究支援センター生命科学分野遺伝子実験支援部門（上田キャンパス）及び機器分析分野機器分析支援部門上田分室 |
| オープンベンチャー・イノベーションセンター |
| 共創研究クラスターの各研究所(上田キャンパス) |