| アドミニストレーション本部 | 本部長 | 総合企画幹 |
| 学部(教育学部附属学校及び医学部附属病院を除く学部附属の教育研究施設を含む。) | 学部長 | 事務部長又は事務長 |
| 大学院の研究科 | 研究科長 | 当該研究科の事務を掌る学部の事務部長又は事務長 |
| アクア・リジェネレーション機構 | 機構長 | 研究推進部大型研究推進課長 |
| 先鋭領域融合研究群 | 研究群長 | 研究推進部研究支援課長 |
| 社会実装研究クラスター | クラスター長 | 研究推進部研究支援課長 |
| 社会実装研究クラスターバイオメディカル研究所 | 所長 | 医学部事務長又は医学部事務部長(当該研究所の担当教員が常時所在する部局が医学部以外の部局である場合は，当該部局の事務長又は事務部長) |
| 社会実装研究クラスター社会基盤研究所 | 所長 | 経法学部事務長(当該研究所の担当教員が常時所在する部局が経法学部以外の部局である場合は，当該部局の事務長又は事務部長) |
| 社会実装研究クラスター繊維科学研究所 | 所長 | 繊維学部事務長(当該研究所の担当教員が常時所在する部局が繊維学部以外の部局である場合は，当該部局の事務長又は事務部長) |
| 社会実装研究クラスター山岳科学研究所 | 所長 | 農学部事務長(当該研究所の担当教員が常時所在する部局が農学部以外の部局である場合は，当該部局の事務長又は事務部長) |
| 社会実装研究クラスター次世代空モビリティシステム研究拠点 | 拠点長 | 工学部事務長又は工学部事務部長(当該研究拠点の担当教員が常時所在する部局が工学部以外の部局である場合は，当該部局の事務長又は事務部長) |
| 社会実装研究クラスター応用微生物学ルネサンスセンター | センター長 | 工学部事務長又は工学部事務部長(当該センターの担当教員が常時所在する部局が工学部以外の部局である場合は，当該部局の事務長又は事務部長) |
| 学術研究・産学官連携推進機構学術研究支援本部 | 本部長 | 研究推進部研究支援課長 |
| 学術研究・産学官連携推進機構学術研究支援本部輸出監理室 | 室長 | 研究推進部研究支援課長 |
| 学術研究・産学官連携推進機構新価値創成本部 | 本部長 | 研究推進部産学官地域連携課長 |
| 学術研究・産学官連携推進機構社会連繋推進本部 | 本部長 | 研究推進部産学官地域連携課長 |
| 学術研究・産学官連携推進機構リサーチアドミニストレーション室 | 室長 | 研究推進部産学官地域連携課長 |
| 学術研究・産学官連携推進機構ユニバーシティ・エンゲージメント室 | 室長 | 研究推進部産学官地域連携課長 |
| 学術研究・産学官連携推進機構スタートアップ・事業化推進室 | 室長 | 研究推進部大型研究推進課長 |
| 学術研究・産学官連携推進機構アクア・イノベーション拠点 | 拠点長 | 研究推進部大型研究推進課長 |
| 附属図書館 | 附属図書館長 | 事務長 |
| 総合健康安全センター | センター長 | 事務室長 |
| 情報基盤センター | センター長 | 総務部ガバナンス推進課情報戦略室長 |
| DX推進センター | センター長 | 総務部ガバナンス推進課情報戦略室長 |
| DE&I推進センター | センター長 | 総務部人事課長 |
| 全学教育センター | センター長 | 学務部学務課長 |
| アドミッションセンター | センター長 | 学務部入試課長 |
| 高等教育研究センター | センター長 | 学務部学務課長 |
| e-Learningセンター | センター長 | 学務部学務課長 |
| 環境マインド推進センター | センター長 | 環境施設部環境企画課長 |
| 学生総合支援センター | センター長 | 学務部学生支援課長 |
| 学生相談センター | センター長 | 学務部学生支援課長 |
| キャリア教育・サポートセンター | センター長 | 学務部学務課長 |
| 教職支援センター | センター長 | 学務部学務課長 |
| グローバル化推進センター | センター長 | 国際部国際企画課長 |
| 基盤研究支援センター | センター長 | 生命科学分野遺伝子実験支援部門にあっては繊維学部事務長，機器分析分野機器分析支援部門長野(工学)分室にあっては工学部事務長又は工学部事務部長，機器分析分野機器分析支援部門伊那分室にあっては農学部事務長，機器分析分野機器分析支援部門上田分室にあっては繊維学部事務長，それ以外にあっては医学部事務長又は医学部事務部長 |
| 地域防災減災センター | センター長 | 環境施設部環境管理課長 |
| 信州地域技術メディカル展開センター | センター長 | 研究推進部産学官地域連携課長 |
| オープンベンチャー・イノベーションセンター | センター長 | 研究推進部産学官地域連携課長 |
| 遺伝子・細胞治療研究開発センター | センター長 | 研究推進部大型研究推進課長 |
| 国際科学イノベーションセンター | センター長 | 研究推進部大型研究推進課長 |
| アクア・リジェネレーション共創研究センター | センター長 | 研究推進部大型研究推進課長 |
| 信大クリスタルラボ | 所長 | 研究推進部大型研究推進課長 |
| 共創研究クラスター | クラスター長 | 研究推進部大型研究推進課長 |
| 共創研究クラスターの各共創研究所 | 各共創研究所長 | 所長が属する学系の事務を所掌する学部の事務部の事務部長又は事務長 |
| 医学部附属病院 | 病院長 | 事務部長 |
| 教育学部附属幼稚園 | 園長 | 教育学部事務長 |
| 教育学部附属長野小学校 | 校長 | 教育学部事務長 |
| 教育学部附属松本小学校 | 校長 | 教育学部事務長 |
| 教育学部附属長野中学校 | 校長 | 教育学部事務長 |
| 教育学部附属松本中学校 | 校長 | 教育学部事務長 |
| 教育学部附属特別支援学校 | 校長 | 教育学部事務長 |
| 内部監査室 | 内部監査室長 | － |
| 学長府 | 学長府長 | 総合企画幹 |
| 総務部 | 総務部長 | 総務課長，ガバナンス推進課長及び人事課長 |
| 財務部 | 財務部長 | 財務課長及び経理調達課長 |
| 学務部 | 学務部長 | 学務課長，学生支援課長及び入試課長 |
| 研究推進部 | 研究推進部長 | 研究支援課長，産学官地域連携課長及び大型研究推進課長 |
| 国際部 | 国際部長 | 国際企画課長 |
| 環境施設部 | 環境施設部長 | 環境企画課長，環境管理課長及び環境整備課長 |