| 松本キャンパス | 学長 | 内部監査室，経営企画部，総務部，財務部，学務部，研究推進部，国際部，環境施設部 |
| 附属図書館 |
アドミニストレーション本部
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| アクア・リジェネレーション機構 |
| 先鋭領域融合研究群バイオメディカル研究所 |
| 先鋭領域融合研究群社会基盤研究所 |
| 総合健康安全センター |
| 男女共同参画推進センター |
| 教育・学生支援機構 |
| 学術研究・産学官連携推進機構 |
| グリーン社会協創機構 |
| 情報・DX推進機構 |
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| 高等教育研究センター |
| e-Learningセンター |
| 環境マインド推進センター |
| 学生総合支援センター |
| 学生相談センター |
| キャリア教育・サポートセンター |
| 教職支援センター |
| グローバル化推進センター |
| 基盤研究支援センター生命科学分野遺伝子実験支援部門，生命科学分野動物実験支援部門，機器分析分野機器分析支援部門及びRI実験分野RI実験支援部門 |
| 地域防災減災センター |
| 信州地域技術メディカル展開センター |
| 遺伝子・細胞治療研究開発センター |
| 情報基盤センター(松本キャンパス) |
| 共創研究クラスターの各共創研究所(松本キャンパス) |
| 人文学部 |
| 教育学部附属幼稚園，松本小学校，松本中学校 |
| 経法学部 |
| 総合人文社会科学研究科(松本キャンパス) |
| 理学部 |
| 総合理工学研究科(松本キャンパス) |
| 総合医理工学研究科(松本キャンパス) |
| 医学部 |
| 医学系研究科 |
| 医学部附属病院 | 医学部附属病院長 | 医学部附属病院 |
| 総合健康安全センター医学部附属病院分室 |
| 長野(教育)キャンパス | 教育学部長 | 教育学部 |
| 教育学部附属志賀自然教育研究施設 |
| 教育学部附属次世代型学び研究開発センター |
| 総合人文社会科学研究科(長野(教育)キャンパス) |
| 教育学研究科 |
| 総合健康安全センター長野(教育)キャンパス分室 |
| 共創研究クラスターの各共創研究所(長野(教育)キャンパス) |
| 長野附属学校 | 代表学校長 | 教育学部附属長野小学校，長野中学校，特別支援学校 |
| 総合健康安全センター長野附属学校分室 |
| 長野(工学)キャンパス | 工学部長 | 工学部 |
| 総合理工学研究科(長野(工学)キャンパス) |
| 総合医理工学研究科(長野(工学)キャンパス) |
| 先鋭領域融合研究群先鋭材料研究所 |
| 先鋭領域融合研究群航空宇宙システム研究拠点 |
| 総合健康安全センター長野(工学)キャンパス分室 |
| 基盤研究支援センター機器分析分野機器分析支援部門長野(工学)分室 |
| 国際科学イノベーションセンター |
| 信大クリスタルラボ |
| 情報基盤センター(長野(工学)キャンパス) |
| 共創研究クラスターの各共創研究所(長野(工学)キャンパス) |
| 伊那キャンパス | 農学部長 | 農学部 |
| 農学部附属アルプス圏フィールド科学教育研究センター |
| 総合理工学研究科(伊那キャンパス) |
| 総合医理工学研究科(伊那キャンパス) |
| 先鋭領域融合研究群山岳科学研究拠点 |
| 総合健康安全センター伊那キャンパス分室 |
| 基盤研究支援センター機器分析分野機器分析支援部門伊那分室 |
| 共創研究クラスターの各共創研究所(伊那キャンパス) |
| 上田キャンパス | 繊維学部長 | 繊維学部 |
| 繊維学部附属農場 |
| 総合理工学研究科(上田キャンパス) |
| 総合医理工学研究科(上田キャンパス) |
| 先鋭領域融合研究群繊維科学研究所 |
| 総合健康安全センター上田キャンパス分室 |
| 基盤研究支援センター生命科学分野遺伝子実験支援部門及び機器分析分野機器分析支援部門上田分室 |
| オープンベンチャー・イノベーションセンター |
| 共創研究クラスターの各共創研究所(上田キャンパス) |