大学院総合工学系研究科は、松本市にある理学部〔松本キャンパス〕、長野市にある工学部〔長野（工学）キャンパス〕、南箕輪にある農学部〔南箕輪キャンパス〕及び上田市にある繊維学部〔上田キャンパス〕の4学部を基礎として博士課程を設置しています。理学部における基礎科学の教育・研究、工学部における高度な工学の教育・研究、繊維学部における人間の感覚や感性、生命機能、自然との融合・調和を志向した繊維科学を中心とした教育・研究、さらに農学部における食と緑に関する教育・研究を融合し、高度なハードテクノロジーに特色あるソフトテクノロジーを包摂した総合工学系の基礎から最先端までを一貫して組織しています。
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