【論文等】
小林元・玉泉幸一郎・矢幡久：スギ林縁木樹冠中の窒素分布．日林九支研論46：119-120，1993
小林元・玉泉幸一郎・齋藤明：スギ樹冠における葉内窒素の分布．日本林学会誌76：276-278，1994 【CiNii】
玉泉幸一郎・小林元・齋藤明：スギ林冠内における光環境と葉面積指数の季節変動．日本林学会誌76：465-467，1994 【CiNii】
津山孝人・小林元・矢幡久・小林善親：パルスケイ光法による樹木葉の電子伝達速度の測定．日林九支研論48：115-116，1995
Tsuyama, M., Kobayashi, H., Shinya, M., Yahata, H. and Kobayashi, Y. : Simultaneous measurements of quantum yield and CO2 uptake for the assessment of non-assimilative electron flow in tree leaves. Journal of Forest Research 1：79〜85, 1996
小林元・玉泉幸一郎・齋藤 明：斜面の異なる位置に生育するスギの樹冠内窒素分布．日本林学会誌82：281〜286，2000 【CiNii】
小林元・玉泉幸一郎・齋藤 明：スギ樹冠における葉齢別の窒素分布．九大演報82：1〜10，2001 【CiNii】
小林元・玉泉幸一郎：スギ苗木の光合成速度と窒素含量に及ぼす庇陰と施肥の影響．日本林学会誌84：180〜183，2002 【CiNii】
小林元・田代直明：スギ樹冠における葉齢別窒素含量の季節変動．森林立地学会誌45：99-102，2003 【CiNii】
小林元・鍜治清弘・馬渕哲也・岡野哲郎：九州大学北海道演習林の５３年生カラマツ林における心腐れの状況．日本林学会北海道支部論文集51：79-81，2003
小林元・鍜治清弘・馬渕哲也・岡野哲郎：九州大学北海道演習林におけるカラマツ林作業と高齢林分における心腐れの状況．森林保護289：2-3，2003
小林元・玉泉幸一郎：スギ樹冠における光環境と当年葉窒素分布の季節変動．日本林学会誌86：271-274，2004 【CiNii】
小林元・岡野哲郎・田代直明・扇大輔・作田耕太郎：九州大学北海道演習林の北斜面と南斜面におけるアカエゾマツ苗木の光合成活性．日本林学会北海道支部論文集52：75-77，2004
小林元・田代直明・作田耕太郎・扇大輔・岡野哲郎：九州大学北海道演習林の北東斜面と南西斜面におけるアカエゾマツ若齢木の成長と光合成−積雪および季節凍土との関連−．北海道の林木育種47：23-26，2004
Kobayashi H, Kaji K, Osaki S, Koga S, Okano S: Butt rot in twenty to fifty years old Larix kaempferi stands at the Hokkaido Branch of Kyushu University Forests. IUFRO International Symposium "Larix2004" Final Program and Abstract : 59, 2004
小林元・古賀信也・田代直明・大崎繁・山内康平・鍜治清弘・内海泰弘・岡野哲郎：応力波測定によるカラマツ生立木の非破壊腐朽診断−腐朽径の推定−．中森研54：55-56，2006
草野瑛司・作田耕太郎・小林元：斜面の上部と下部に植栽されたスギ・ヒノキ若齢木当年生シュートの光合成・蒸散速度．九州森林研究59：186-188，2006
小林元・荒瀬輝夫・木下渉・野溝幸雄・浅田賢史・熊谷市雄：信州大学演習林における炭素蓄積量および炭素吸収量の試算：信大ＡＦＣ報告5：133-135 ，2007
小林元・古賀信也・田代直明・大崎 繁・山内康平・鍜治清弘・内海泰弘・岡野哲郎：樹木医学研究カラマツ生立木の非破壊腐朽診断−応力波測定法と打診法の比較−．樹木医学研究11：9-12，2007
草野瑛司・作田耕太郎・小林元：斜面の上部と下部に植栽されたスギとヒノキ若齢木の当年生シュートにおける光合成特性．九州森林研究60：72-74，2007
小林元：森林とCO2削減効果．食と緑の環境科学．（唐沢 豊編，268pp，信濃毎日新聞社，長野）．133-140，2008
清水裕子・美馬菜穂子澤畠拓夫・小林元・伊藤精晤：林相の異なるアカマツ−ヒノキ二段林における林分構造，林内環境と快適性の関係．ランドスケープ研究71：921-928，2008
小林元・古賀信也・岡野哲郎・田代直明：応力波伝播速度測定によるカラマツ生立木の非破壊腐朽診断−九州大学北海道演習林と信州大学野辺山ステーションにおける調査事例−．樹木医学研究12：119-124，2008 【CiNii】
Chowdhury, Mohammad Shaheed Hossain, Koike, Masao, Muhammed, Nur, Halim, Md. Abdul, Saha, Narayan and Kobayashi, Hajime: Use of plants in healthcare: a traditional ethno-medicinal practice in rural areas of southeastern Bangladesh. International Journal of Biodiversity Science & Management 5: 41-51, 2009
小林元：スギ人工林の二酸化炭素吸収量におよぼす間伐の影響−光合成法による評価−．信大ＡＦＣ報告８：77-80，2010 【CiNii】
H. KOBAYASHI, S. INOUE, and K. GYOKUSEN: Spatial and temporal variations in the photosynthesis-nitrogen relationship in a Japanese cedar (Cryptomeria japonica D. Don) canopy. Photosynthetica 48: 249-256, 2010 【Springer link】
小林元・岡田充弘・小野 裕・安江恒・井上裕・植木達人：日本最古のカラマツ人工林における応力波伝播速度測定による生立木の腐朽診断．樹木医学研究14：92-96，2010
小林元：地球温暖化問題と森林とのかかわり．森林サイエンス２．（小池正雄監修，325pp，川辺書林，長野）．211-219，2011
松澤義明・小林元・植木信吉・小林紀之：長野県「森林の里親促進事業」CO2吸収評価認証制度によって算出された森林二酸化炭素吸収量の精度検証と算定方法の課題抽出．AFC報告9：99-103，2011
Md.Danesh Miah, Muhammad Abul Foysal, Masao Koike, Hajime Kobayashi: Domestic energy-use pattern by the households: A comparison between rural and semi-urban areas of Noakhali in Bangladesh. Energy Policy 39: 3757-3765, 2011
H. Kobayashi, S. Inoue and K. Gyokusen: Photosynthesis-nitrogen relationship in a Hinoki cypress(Chamaecyparis obtusa) canopy: a comparison with Japanese cedar (Cryptomeria japonica). Photosynthetica 50: 317-320, 2012 【Springer link】
安江恒・祇園紘一郎・小林元・小野裕・井上裕・岡田充弘・植木達人：浅間山カラマツ植物群落保護林の成長履歴および材質特性．AFC報告10：39-43，2012
上野健一・磯野純平・今泉文寿・井波明宏・金井隆治・鈴木啓助・小林元・玉川一郎・斎藤琢・近藤裕昭：大学間連携事業を通じた中部山岳域の気象データアーカイブ．地学雑誌122：638-650，2013
【記事】
平井敬三・小林元・稲垣善之：森林生態系における窒素の動態．森林技術795：18-21，2008
小林元：信州大学における山岳研究と教育．森林技術837：18-21，2011
小林元：カラマツの心材腐朽−新しい機械による被害評価と診断−．技術情報（長野県林業総合センター）145：6-7，2013
小林元：大学演習林について（第16回）信州大学演習林の教育・研究・林業経営．森林計画研究会会報450：34-36，2013
小林元：シリーズ演習林５−信州大学農学部附属アルプス圏フィールド科学教育研究センター西駒ステーション．森林技術856：28-29，2013
小林元：大学演習林からの便り＜２２＞信州大学〜やまのエキスパートを育む虎の穴〜．グリーン・エージ8：38-41，2013
【学会発表】
小林元・古賀信也・田代直明・大崎繁・山内康平・鍜治清弘・内海泰弘・岡野哲郎：応力波測定によるカラマツ生立木の非破壊腐朽診断−腐朽径の推定−．第54回日本林森学会中部支部大会，2005
小林元・田代直明：アカエゾマツ針葉における光環境と窒素含量および光合成能の経年変化． 第53回日本生態学会講演要旨集，P327，2006
小林元・荒瀬輝夫・木下 渉・野溝幸雄・浅田賢史：信州大学演習林における二酸化炭素貯留量の試算．第118回日本林学会大会学術講演集（ＣＤロム），P3b42，2007
小林元：アカエゾマツ樹冠における窒素動態と光合成機能．第119回日本林学会大会学術講演集（ＣＤロム），D19，2008
小林元・吉田 藍：コウヤマキ若齢林における物質生産と光合成−ヒノキとの比較−． 第56回日本生態学会講演要旨集，P255，2009
小林元・日置美知子：ヒノキとサワラの成長および 樹冠構造の比較 ．第120回日本森林学会大会学術講演集（ＣＤロム），A31，2009
小林元・松澤義明：長野県における森林二酸化炭素吸収量評価認証の取り組み．第121回日本森林学会大会学術講演集（ＣＤロム），K13，2010
小林元・ 山口大輔・増井 僚・ 梁 乃申・三枝信子：富士北麓フラックス観測サイトにおけるカラマツ個葉光合成の季節変化．日本森林学会大会発表データベース，Vol.122，pp.178，2011
小林元・高瀬雅生・清野達之・高橋耕一：異なる温度環境で生育させた常緑性と落葉性のブナ科実生６種の初期成長と光合成．第60回日本生態学会講演要旨集，P263，2013
小林元・舩木昇・吉村太一：亜高山帯常緑針葉樹林における攪乱60年後の標高別林分動態．日本生態学会第61回全国大会 (2014年3月、広島) 講演要旨，PA1-195，2014
小林元・蔵屋諒丞・吉竹晋平・ 斎藤琢・ 安江恒：岐阜大学高山試験地の常緑針葉樹林フラックスサイトにおけるスギ個葉光合成の季節変化．第126回日本森林学会大会学術講演集，P210，2015
小林元・木村公良・平井敬三：ヒノキ人工林の土壌呼吸におよぼす間伐の影響．第127回日本森林学会大会，http://doi.org/10.11519/jfsc.127.0_108，2016